سیستم مادون قرمز به عنوان جایگزینی برای سنسور TC توسعه یافته است و کنترل کننده دقیق تری برای سطوح CO2 است. سیستم مادون قرمز سطوح CO2 را با یک سنسور نوری تشخیص می دهد. یک نمونه هوا از محفظه بین یک ساطع کننده IR (منبع نور) و سنسور عبور داده می شود. حسگر کاهش IR را از امیتر تشخیص می دهد زیرا CO2 موجود در نمونه هوا مادون قرمز را جذب می کند. مقدار IR جذب شده نسبت به سطوح CO2 در نمونه هوا است. سنسور مادون قرمز تحت تأثیر تغییرات دما و رطوبت قرار نمی گیرد، بنابراین نسبت به سنسور TC به ویژه پس از باز شدن درب دقیق تر است. با این حال، سیستم IR معمولا گرانتر از سیستم TC است.

حفظ دمای ثابت در انکوباتور برای سلامت و رشد سلول های کشت شده حیاتی است. هنگام انتخاب یک دستگاه انکوباتور CO2 با اندازه کوچک تا متوسط، دو گزینه گرمایش اصلی وجود دارد: دارای پوشش آب و دیواره تابشی. اگرچه هر دو سیستم گرمایش دقیق و قابل اعتماد هستند، اما هر کدام مزایا و معایب خود را دارند.
انکوباتورهای دارای پوشش آب با احاطه کردن محفظه داخلی با آب گرم در یک محفظه جداگانه، دما را حفظ می کنند. آب گرم می شود و از طریق همرفت طبیعی در اطراف محفظه داخلی گردش می کند. گرمای آب به محفظه داخلی تابش می کند و دمای داخل آن را ثابت نگه می دارد. آب یک عایق به ویژه موثر است و سیستم جلیقه آب روش قابل اطمینان تری برای گرمایش در صورت قطع برق در نظر گرفته می شود. در پی قطع برق، یک دستگاه انکوباتور با پوشش آب دمای تنظیم شده را در داخل محفظه 4 تا 5 برابر بیشتر از یک واحد دیواره تابشی نگه می دارد.
انکوباتورهای دیواره تابشی محفظه داخلی را با استفاده از بخاری های نصب شده در حفره اطراف که گرما را از طریق محفظه داخلی تابش می کنند، گرم می کنند. سیستم گرمایش با دیوار تابشی امکان بازیابی سریعتر دما را پس از باز شدن درب یا تغییر تنظیمات دما فراهم می کند. incubator سیستم‌های گرمایش دیوار تابشی نیز برای کاربر ساده‌تر هستند و نیازی به پر کردن، نظارت و تخلیه آب در جلیقه آب ندارند.